Сериал «Затмение» рассказывает о событиях 1960 года, когда в Москве произошла вспышка смертельно опасной болезни — чёрной оспы, которая считалась побеждённой в СССР. В центре сюжета — полковник Шилов, назначенный КГБ для расследования и борьбы с эпидемией, так как у него есть личная история с этой болезнью. Его задача — быстро найти всех заражённых и остановить распространение вируса, при этом внедряясь в теневую жизнь столицы, охваченную подпольем, азартными играми, проституцией и наркотиками. Шилов вынужден проникать в самые тёмные уголки преступного мира, раскрывая секреты скрытых сетей и их участников. На фоне этих событий разворачивается напряженная борьба за невинность и безопасность города, которая раскрывает сложные моральные и социальные связи под маской обычной эпохи.